2004年5月,经国家教育部和江苏省政府批准,原南通医学院、南通工学院、南通师范学院合并组建南通大学。南通大学成立后,学校便设立了南通大学杂志社,列入学校直属单位序列。杂志社统一归口管理、编辑、出版《南通大学学报》社会科学版、自然科学版、医学版、教育科学版和《交通医学》等5种公开发行的学术期刊。
 2009年,经国家新闻出版总署批准,《南通大学学报(教育科学版)》更名为《廉政文化研究》,2010年公开出版。
杂志社现有5种刊物为:

 《南通大学学报(社会科学版)》,双月刊,刊号为CN32-1754/CISSN1673-2359。本刊为中国人文社会科学学报核心期刊,全国百强社科学报,中国人文社会科学引文数据库来源期刊,RCCSE核心期刊(A),CSSCI来源期刊,全国高校百强社科期刊,“中国人文社会科学综合评价AMI”扩展期刊,江苏省一级期刊。

 《南通大学学报(自然科学版)》,季刊,刊号为CN32-1755/N ,ISSN1673-2340。本刊为RCCSE核心期刊(扩展版),江苏省一级期刊。
《南通大学学报(医学版)》,双月刊,刊号为CN32-1807/R ,ISSN1647-7887。本刊为江苏省一级期刊。
《交通医学》,双月刊,刊号为CN32-1412/R, ISSN1006-2440。本刊为江苏省一级期刊。
《廉政文化研究》,双月刊,刊号为CN32-1817/D, ISSN1674-9170。 

本刊入选2014版人大复印报刊资料重要转载来源期刊。

 与5种刊物相对应,杂志社设有《南通大学学报(社会科学版)》编辑部、《南通大学学报(自然科学版)》编辑部、《南通大学学报(医学版)》编辑部、《交通医学》编辑部和《廉政文化研究》编辑部等5个业务机构。