南通大学杂志社成立于2004年，是南通大学直属单位，管理、编辑、出版《南通大学学报（社会科学版）》《南通大学学报（自然科学版）》《南通大学学报（医学版）》《交通医学》和《廉政文化研究》等5种公开发行的学术期刊，综合展示学校的科研成果，是学校学科建设的重要学术窗口。

南通大学杂志社设有《南通大学学报（社会科学版）》编辑部、《南通大学学报（自然科学版）》编辑部、《南通大学学报（医学版）》编辑部、《交通医学》编辑部和《廉政文化研究》编辑部等5个业务机构。全社在编17人，其中管理岗位4人，编辑岗位13人。各刊编辑学历全部为硕士以上，其中博士5人，正高职称4人。

《南通大学学报（社会科学版）》创刊于1985年，CN 32-1754/C， ISSN 1673-2359，双月刊。现为“中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊”“全国中文核心期刊”“AMI综合评价（A刊）核心期刊”“RCCSE中国核心学术期刊”，重点栏目“长三角与长江经济带发展论坛”“哲学研究”被评为省直重点社科理论期刊优秀栏目，获首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖。

《南通大学学报（自然科学版）》创刊于2002年，原名《南通工学院学报（自然科学版）》，CN 32-1755/N，ISSN 1673-2340，季刊。获首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖、“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖、江苏期刊明珠奖优秀策划项目、江苏省科技期刊“金马奖”创新创意奖“十佳品牌栏目奖”、江苏省高校优秀期刊、中国高校编辑出版质量优秀科技期刊，入选RCCSE中国核心学术期刊（扩展版）（2011—2015）。被瑞典《开放存取期刊目录》（DOAJ）、美国《化学文摘》（CA）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、波兰《哥白尼索引》（IC）、欧洲学术出版中心数据库（EuroPub）、WHO生命研究数据库（Research4Life）、《乌利希期刊指南》（Ulrichsweb）等列为来源期刊或收录。

《南通大学学报（医学版）》创刊于1981年，原《南通医学院学报》，CN32-1807/R，ISSN 1674-7887，双月刊，邮发代号28-157。获中国高校编辑出版质量优秀科技期刊，中国高校科技期刊优秀团队，获首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖，“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖、江苏省科技期刊学会工作“贡献奖”，江苏省科技期刊“金马奖”“创新团队奖”和“十佳创新团队奖”，江苏省科协精品科技期刊项目，江苏省特色期刊。

《交通医学》创刊于1987年，CN 32-1412/R ，ISSN 1006-2440，双月刊，邮发代号28-164。中国工程院院士顾晓松教授任编委会主任，南通大学校长杨宇民教授任杂志主编。开设“再生医学”“交通创伤”“交通心理”等交通特色栏目。获中国高校编辑出版质量优秀科技期刊，“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖，第十届江苏省科技期刊“金马奖”十佳品牌栏目、十佳创新团队奖，江苏省科协精品科技期刊精品培育期刊，江苏省科技期刊编辑学会工作贡献奖，江苏省高校学报研究会特色期刊。

《廉政文化研究》创刊于2010年， CN32-1817/D，ISSN 1674-9170，双月刊，是当前我国廉政研究领域里的唯一的学术理论专业期刊。办刊宗旨为：展示廉政文化理论研究成果，推介廉政建设实践经验，促进廉政文化学术交流，为推进反腐倡廉建设、构建社会主义和谐社会提供理论支撑和实践指导。2015年收录为人大复印报刊资料重要转载来源期刊；2018年、2022年连续获评中国人文社会科学期刊AMI综合评价A刊扩展期刊。被国家哲学社会科学文献中心评为“政治学学科最受欢迎期刊”，被全国高等学校文科学报研究会评为“全国高校社科优秀期刊”，专题研究“新中国70年廉政建设与改革”荣获“江苏期刊明珠奖•优秀策划奖”，“廉政史论”栏目荣获“江苏期刊明珠奖•优秀栏目奖”“华东地区期刊优秀栏目奖” ，并在第七届高校社科学术期刊质量检查与评估活动中荣获“特色栏目奖”；入选第二十七届、二十八届、二十九届北京国际图书博览会“中国精品期刊展”，连续入选江苏省新闻出版局主办的两届江苏“期刊主题宣传好文章”。